Neue Herausforderungen (1945-1990)
Waren die Jahre des Nationalsozialismus davon gekennzeichnet gewesen, dass das kirchliche Leben immer stärker eingeschränkt wurde, so erlebte dieses noch 1945 bereits wieder einen deutlichen und rasanten Aufschwung. Die Aufgaben waren gerade in Klagenfurt sehr umfangreich, kamen doch zu den Gemeindegottesdiensten noch jene in den Lagern und Lazaretten hinzu. Im Jahr 1945 wurden nicht weniger als 219 Gottesdienste gehalten (die Johanneskirche konnte ab dem Juli 1946 wieder genutzt werden). Eine Folge der großen Aufgaben in der Gemeinde war 1950 die Einrichtung einer zweiten Pfarrstelle, die mit Friedrich Schmidt besetzt wurde. Eine weitere Herausforderung der Zeit unmittelbar nach Kriegsende war die Sozialfürsorge innerhalb der Gemeinde in Form von Ausspeisungen und der Verteilung von Gegenständen des täglichen Gebrauchs wie Kleidung. Allein 1946 konnten durch solche Aktionen 1.860 Menschen geholfen werden.
Schließlich setzte auch eine Gegenbewegung zu jener Austrittswelle ein, die vor allem 1939/40 stattgefunden hatte. Zahlreiche Menschen kehrten nun in die evangelische Kirche zurück, holten Taufen, Konfirmationen oder Eheschließungen nach – und auch die Zahl der Kinder und Jugendlichen im Religionsunterricht stieg deutlich an. Eine letztlich logische Entwicklung, die sich ab etwa 1950 vollzog, war die Loslösung einzelner Predigtstationen von der Pfarrgemeinde. Schon 1948 konnte Pfarrer Friedrich Krotz für die Betreuung Moosburgs und der Orte am Nordufer des Wörthersees gewonnen werden und 1952 wurde Pörtschach als Filialgemeinde konstituiert (wobei der Sitz des Pfarramtes in Moosburg war). Die Filialgemeinde hatte zu diesem Zeitpunkt bereits über 1.300 Mitglieder. Zwei Jahre später wurde Pörtschach eigenständige Pfarrgemeinde, ihr schlossen sich neben Moosburg auch Krumpendorf, Velden und Goritschach an. Dies reduzierte zwar die Seelenzahl der Klagenfurter Pfarrgemeinde, die aber nun immer noch bei über 7.000 lag.
1954 trat auch Erich Pechel in den Ruhestand, der 21 Jahre lang als Pfarrer gewirkt hatte und in diesen Jahren so dramatische Veränderungen und Einschnitte erlebt hatte, wie es in so kurzer Zeit kaum einmal vorkommt. Friedrich Schmidt wurde zum neuen Pfarrer gewählt, die zweite Pfarrstelle mit Franz Reischer besetzt, der bis dahin in Arriach gewesen war.
Die Jahre um 1960 brachten mehrere Baustellen mit sich. Zum einen waren Renovierungsarbeiten an der Kirche und am Pfarrhaus nötig (bei letzterem stellte sich heraus, dass man unmittelbar nach Kriegsende offenbar teilweise minderwertiges Baumaterial verwendet hatte). Zum anderen wurde spürbar, dass sich die Zeiten geändert hatten – die Eintrittswelle, die 1945 eingesetzt hatte, war bereits abgeebbt und nach und nach stieg die Zahl der Austritte, die nun kontinuierlich höher lag als jene der Eintritte. Die Austritte lagen in dieser Zeit bei 40 bis 60 im Jahr, und deren Ansteigen hatte seine Ursache nun nicht in einem schwierigen politischen Umfeld, sondern grundlegenden gesellschaftlichen Veränderungen, die unter anderem auch eine zunehmende Entkirchlichung und steigendes Desinteresse gegenüber den traditionellen Kirchen mit sich brachten. Andererseits brachten die 1960er Jahre auch eine erste Phase nachhaltiger ökumenischer Kontakte, eine Entwicklung, die bereits in den Kriegsjahren unter dem Eindruck eines gemeinsamen Schicksals unter dem NS-Regime eingesetzt hatte.
Angesichts der Größe der Gemeinde und der geographischen Lage der Johanneskirche im Westen der Stadt hatte es bereits in den 1950er Jahren Überlegungen gegeben, im Osten Klagenfurts ein eigenes Gemeindezentrum zu errichten. Für dieses wurde nun 1963 der Grundstein gelegt und 1967 erfolgte die Gründung der Pfarrgemeinde Klagenfurt-Ost Christuskirche; zum Pfarrer der neuen Gemeinde wurde Franz Reischer bestellt. Während die Gemeinde Klagenfurt-Ost nun etwa 2.900 Mitglieder hatte, betrug die Zahl der Gemeindeglieder der Johanneskirche rund 5.200.
Da dies immer noch eine sehr große Zahl war, blieb die zweite Pfarrstelle aufrecht, die noch 1967 mit Heinz Krobath besetzt wurde. 1973 übernahm Krobath die erste Pfarrstelle, die zweite wurde mit Carl-Hans Schlimp besetzt. In diesen Jahren gingen von der Pfarrgemeinde Klagenfurt auch starke Signale der Bildungsarbeit aus. Schon um 1970 hatte Heinz Krobath mit dem Aufbau eines Evangelischen Bildungswerks begonnen und Pfarrer Schlimp sollte mit einem Team für lange Zeit die Evangelische Akademie Kärnten leiten.
Ein Schwerpunkt, der auch mit einer eigenen Pfarrstelle vertieft wurde, war die Krankenhausseelsorge, die angesichts des Landeskrankhauses schon seit Jahrzehnten ein spezifisches Aufgabenfeld in der Gemeinde gewesen war. Pfarrer Hermann Höller begann 1975 im Rahmen dieser Aufgabe mit Aufbau und Schulung eines Teams von MitarbeiterInnen. Seit 1998 leistet Pfarrer Friedrich van Scharrel diesen wichtigen Dienst. Inzwischen ist die Anstaltsseelsorge aus der Pfarrgemeinde Klagenfurt herausgewachsen und zu einem von der ganzen Diözese getragenen Arbeitsfeld geworden.
1985 übernahm Pfarrer Johannes Masser den Dienst in Klagenfurt von Pfarrer Krobath. Aus der anstehenden Innenrenovierung der Johanneskirche entwickelte sich das Projekt, die Innengestaltung aus der Erbauungszeit wiederherzustellen. Hinzu kam der Neubau der Orgel, die in mehreren Schritten zur größten evangelischen Kirchenorgel Kärntens wuchs.