2. Von der Filialgemeinde zum Sitz des Superintendenten (1864-1895)
Da sich evangelisch-kirchliches Leben in der Landeshauptstadt erst wieder um die Mitte des 19. Jahrhunderts regte, wurde bei der Grundsteinlegung der Johanneskirche 1863 von einem „neu gepflügten Brachfeld für’s Evangelium“ gesprochen.
Ausgangspunkt dieser Regungen war die 1851 gegründete Gemeinde Waiern-Feldkirchen. Am 30. April 1854 hielt Adam Wassertheurer im Landhaussaal den ersten Gottesdienst in Klagenfurt seit der Reformationszeit. Im Anschluss an diesen Gottesdienst wurde Klagenfurt offiziell als Filialgemeinde von Waiern konstituiert.
1861, im Jahr des Protestantenpatents, richtete die Gemeinde Waiern ein Gesuch an den Central-Vorstand der Gustav-Adolf-Stiftung um Zuwendungen zur Dotierung eines Hilfspredigers, der in den Filialgemeinden tätig sein sollte.
Im folgenden Frühjahr war die Angelegenheit so weit gediehen, dass mit Carl Rolf nun auch ein Kandidat für die Stelle eines Vikars bereitstand, der auch schon seit dem Frühjahr 1860 als Hilfsprediger die drei Filialgemeinden betreute.
Im Dezember 1862 richtete die Filialgemeinde Klagenfurt-Eggen-St. Veit dann auch ein Gesuch an den Central-Vorstand des Gustav Adolf-Vereines um Unterstützung des Kirchbauvorhabens für Klagenfurt. Im Jänner 1863 zeigte sich Superintendent Gunesch hinsichtlich dieses Vorhabens allerdings beunruhigt, vor allem, weil Klagenfurt einen recht kostspieligen Bau plane. Tatsächlich gingen die Vorbereitungen aber rasch voran und am 30. September 1863 wurde die Grundsteinlegung durchgeführt, wobei Pfarrer Wassertheurer die Predigt hielt.
Im Herbst 1863 stand dann schließlich – was wohl abzusehen war – der Wunsch Klagenfurts nach Bildung einer eigenen Pfarrgemeinde im Raum. In einem vertraulichen Schreiben sprach sich Superintendent Gunesch deutlich für die Eigenständigkeit Klagenfurts aus und dafür, dass Waiern als Muttergemeinde keine unnötigen Hindernisse aufbauen solle; insgesamt zählte die Filialgemeinde 813 Seelen, davon 201 in Eggen, 562 in Klagenfurt und 50 in Wolfsberg, sodass die neue Gemeinde eine Seelenzahl von knapp über 600 gehabt hätte, ebenso wie Waiern und Eggen zusammen. In einem nunmehr offiziellen Schreiben erneuerte Gunesch im Jänner 1864 seine Mahnung, dass die Eigenständigkeit Klagenfurts im Interesse der Kirche nicht aufgehalten werden dürfe. Mit Erlass der Superintendentur vom 26. Jänner 1864 wurde der Gemeinde Waiern schließlich mitgeteilt, dass der Oberkirchenrat die Bildung einer eigenständigen Pfarrgemeinde in Klagenfurt genehmigt habe.
Von Seiten der Gemeinde Waiern drückte man durchaus Freude über die neue Gemeindegründung aus, wies aber auch darauf hin, dass der Entschluss, die Filiale Eggen nun Klagenfurt zuzuschlagen, die bisherige Muttergemeinde schwer treffe, da man von insgesamt 1.214 Gemeindegliedern nun auf einen Schlag 813 verlieren würde. Am 30. September 1866, genau drei Jahre nach der Grundsteinlegung konnte dann auch die Einweihung der Kirche am Lendkanal vorgenommen werden.
Das Gemeindegebiet der neu gegründeten Gemeinde war so groß, dass es auf der Hand liegt, dass eine eingehende Versorgung aller Evangelischen angesichts der damaligen Verkehrsverhältnisse nicht möglich war. So wurden denn auch in Wolfsberg in den Anfangsjahren jährlich gerade einmal vier, in Eggen am Kraigerberg acht Gottesdienste gefeiert. 1877 fand im Wappensaal des Landhauses die Superintendentialversammlung statt, bei der auch Karl Bauer, Pfarrer in Treßdorf, zum neuen Superintendenten gewählt wurde. Nachdem der gesundheitlich bereits schwer angeschlagene Pfarrer Rolf im Februar 1885 starb, wurde Bauer zu seinem Nachfolger in Klagenfurt gewählt.
Damit war nun auch das Amt des Superintendenten in der Landeshauptstadt angesiedelt, was die Gemeinde in ihrer Bedeutung noch aufwertete – immerhin war sie nach wie vor die einzige Stadtgemeinde Kärntens. Bauer wurde zwar zumeist von Vikaren, zeitweise auch von Reisepredigern in seiner Arbeit unterstützt, aber wie auch schon bei seinem Vorgänger wirkte sich die Arbeitsüberlastung der weit ausgedehnten Gemeinde – zu der auch noch die Arbeit als Superintendent kam – äußerst negativ auf seine Gesundheit aus. Im März 1895 starb Bauer im Alter von 60 Jahren.
Was in den zehn Jahren seines Wirkens in Klagenfurt gelungen war, war die finanzielle Konsolidierung der Gemeinde und die Festigung des Religionsunterrichts, der in diesen Jahren keineswegs eine selbstverständliche Stellung hatte, insbesondere nicht in den höheren Schulen.
